十二番队技术开发局副局长涅茧利（中尾隆圣 配音）在实验过程中遭到莫名袭击，进而导致他狂性大发，摧毁实验设备，引发巨大爆炸，致令静灵庭严重受损。与此同时，黑崎一护（森田成一 配音）感知到尸魂界的巨变，他从浦原喜助（三木真一郎 配音）口中得知事件始末，于是决定动身前往尸魂界。然而，尸魂界的死神们似乎丧失了关于一护和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）的记忆，全都将矛头对准一护，昔日的好友变成了刀剑相向的敌人。另一方面，露琪亚也变得行踪不明。各种奇怪的事情相继发生，静灵庭巨变的背后究竟隐藏着怎样的秘密？ 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第三部剧场版。
君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注，然而此时却发生悲惨事件，该国女王萨克拉•阿尔蒂亚和王子吉尔•加乌尔突发意外身亡。公主米拉•朱丽叶拒绝继承王位，与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下，米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上，米兰险遭暗算，无法忍受这一切的她偷偷逃了出去，却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰，渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查，而另一方面，大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来…… 本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
