1999年に放映され、ダイナミックな３DCGアクションで話題を集めた「ゾイド」の第２期シリーズ。今作は格闘技をテーマにして内容を一新、“ゾイドバトル”の頂点を目指す少年の熱い闘いを描く。前作のはるか未来、惑星Ziでは巨大機械生命体ゾイドを操る戦闘競技ゾイドバトルが流行していた。少年ビットもその参加者だ。彼の夢は、いつかゾイドバトルの頂点に立つこと。強力なライバルたちと激しい闘いを繰り広げるビットだったが、やがて悪の組織の陰謀が明らかに…。
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制出了超迷你战士，用正能量帮助你打败烦恼星人！你是不是，有说不出的烦恼？呼叫呼叫！超迷你战士马上来到！
暂别苍风帝国，云澈来到神皇帝国开始新的冒险，意外与凤凰神宗弟子结下梁子，同时也结识了凤凰神女，雪公主，凤雪儿，又遭鬼影圣手花铭海跟踪，不打不相识。天玄七国排位战开始，云澈动身参战，这将是云澈展现实力的新舞台，还是陷入恶斗的苦战场？云澈身藏的凤凰血脉，又将在神凰帝国引发何等风波？风云诡谲，尽在云澈一念之间。
故事发生在表面看似平静，实际上暗潮涌动的城市福冈。在这里，犯罪活动未曾停止，杀手们分为不同的阵营互相对抗制衡，与此同时，另一批专杀杀手的杀手应运而生。 经营着马场侦探事务所的马场善治（小野大辅 配音）、黑手党“华九会”雇佣的女装杀手林宪明（梶裕贵 配音）、杀手公司“Murder Ink”的新晋员工齐藤（小林裕介 配音）、黑客集团雇佣的情报商榎田（小野贤章 配音）、非常风骚风情万种的复仇代理人次郎（浪川大辅 配音），在夜幕的笼罩之下，命运交织点上，每个人都面临着他们的选择，而马场要面对的，是他最大的对手猿渡俊助（中村悠一 配音）
在充满奇幻能量与多元生命形态的异世界中，青年守护者唐卡凭借独特的感知能力"星辰之眼"维护不同族群间的和谐共处，少女庄小冉突发意外，觉醒了能与神秘能量产生共鸣的特殊体质，踏入这个奇妙的异世界。被唐卡救助后，两人在相处中发现了她的身世之谜，因此揭开两个古老组织"自然守护团"与"生命议会"的理念碰撞。
