公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。
唐朝少女姜禾穿越千年来到许青眼前，命运牵起这跨越千年的爱恋。少女所熟悉的一切，都已经变成历史。亲朋，好友，敌人，全部沉寂在一千二百年前。少年则毫无保留，带着少女开启全新的生活。痛苦、迷茫、欢声、笑语都将留在这个新世界。
故事发生在表面看似平静，实际上暗潮涌动的城市福冈。在这里，犯罪活动未曾停止，杀手们分为不同的阵营互相对抗制衡，与此同时，另一批专杀杀手的杀手应运而生。 经营着马场侦探事务所的马场善治（小野大辅 配音）、黑手党“华九会”雇佣的女装杀手林宪明（梶裕贵 配音）、杀手公司“Murder Ink”的新晋员工齐藤（小林裕介 配音）、黑客集团雇佣的情报商榎田（小野贤章 配音）、非常风骚风情万种的复仇代理人次郎（浪川大辅 配音），在夜幕的笼罩之下，命运交织点上，每个人都面临着他们的选择，而马场要面对的，是他最大的对手猿渡俊助（中村悠一 配音）
继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
