神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
拥有超强吐槽气质的高中生小雪芹，因自己的吐槽气质而最讨厌渴望被吐槽的人。然而，盯上他的却是外表、言行、气场、甚至其存在本身都充满槽点的最强中二高中生——花鸟兜。发誓绝对不吐槽他的芹，终究还是没有忍住。他的周围，有点奇怪的家伙们也开始渐渐聚集……时而爆笑时而可爱的男子高中生喜剧故事即将拉开序幕。
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。 没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
陈克意外被大运重卡撞上身亡后穿越到修仙世界，醒来时发现自己和一群人被抓来准备为妖怪过寿陪葬。正当陈克绝望之时，系统上线，名为诸天抽取系统，可通过让他人震惊获得震惊值来抽奖。为了获得震惊值，陈克大胆挑衅看守的小妖，引发众人震惊，陆续抽到一些令人啼笑皆非的物品，随后走上一条科技修行之道！
