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双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
牧尘，北灵境中史无前例取得“灵路”资格的少年。本应顺利通过“灵路”的试验后进入五大院学习，却史无前例地在灵路试炼中半途被踢了出来，没有人知道原因为何，许多人因此认为他不过是侥幸得到资格。然而牧尘将用实力证明，就算没能在“灵路”中走到最后，他也能夺取五大院的入门资格。
玉珥只是想把自己嫁出去，谁知一不小心克死了四个未婚夫……没人要就没人要吧，就让她安安静静做个单身狗。可是，亲爱的皇叔呐，咱们来商量商量，下次你想来我房，走门行吗？我给你留门！“不行！我们是在幽会，爬窗我比较有感觉…”
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
