这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。 没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
凌然获得医疗系统之后，通过自己非人的努力，不断超越人类的学习极限，习得更高级更困难的外科术式，去解决更复杂困难的病例，目标是成为伟大的外科医生。
狂风暴雨之夜，两名盗墓分子挖出一口神秘棺材，谁知棺材因路途颠簸掉入水库，恐怖的故事由此发生。水库附近的H市，平面设计师白小飞遭遇最令人毛骨悚然的经历。一只女性恐怖僵尸破门而入，小飞经过拼死搏斗打败僵尸，却发现整个城市已彻底沦陷，变成僵尸盘局与肆虐的死之城。与电影上的僵尸不同，这群怪物会通过基因突变发生多次变异，并且越变越强大，因此被网络上称为“大尸兄”。为了活命，同时为了找到甩掉自己的女友小薇。小飞不得不走出房门，而他即将面临一波强似一波的尸兄来袭……
