《康熙微服私访记3》沿袭前两部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三个单元故事组成。“锦袍记”中康熙（张国立饰）派大太监三德子（赵亮饰）回故里调查贪官一事，然而当牵扯进亲情之后事情开始变得难以取舍；“食盒记”由宜妃（邓婕饰）的亲戚噶礼送的食盒引发；而在“铃铛记”中，康熙竟然独身离宫，当起了普通老百姓。 经典古装电视连续剧《康熙微服私访记》，自1997年至2007年已有五部作品出品。这五部作品一直延续该剧系列的作品风格，亦庄亦谐中既描摹出康熙在微服私访中的平易近人，又把他严惩贪官的威武一面刻画得入木三分。该剧系列的前四部由张国立自导自演，第五部由孙树培导演执导。
故事发生在二十世纪七十年代，凤凰小镇坐落在凤凰山下，是一个洋溢着宁静与安详气息的世外桃源。单纯善良的何三妹（练束梅 饰）爱上了在思想宣传队工作的李大庆（李健 饰），两人情投意合很快就走到了一起。然而这段感情却被一直暗恋着何三妹的杨豆筋（刘亭作 饰）抹黑成为了“奸情”，何三妹受到了组织的严厉惩罚，被发配到偏远的河东小学任教。 之后，杨豆筋又使诈，使得何三妹同李大庆之间产生了误会，杨豆筋此时趁虚而入，欺骗蒙蔽了天真的何三妹，让她成为了自己的新娘。在新婚之夜，何三妹终于识破了杨豆筋的真面目，可是一切都为时已晚，等待着何三妹的，是充满了屈辱和痛苦的婚姻生活。
人过中年的女扳道工刘小站（江珊 饰）原本拥有幸福美满的家庭，但在丈夫冯国强（韩青 饰）的事业蒸蒸日上之际，她在家中遭遇“被下岗”的命运。冯与公司下属孙媛媛有染（石林 饰），转而以感情不和为名提出离婚。虽然得到不菲的抚恤金，可刘小站几乎还是净身出户离开了善良的公婆以及可爱的儿子。此后不久，国强迎娶媛媛，迫使儿子冯鑫在婚礼当天引出一场闹剧。小站也借此机缘结识了胆小嘴碎的出租车司机周勇（周小斌 饰）。周生活拮据，上有老母下有女儿，可是性格十分乐观。他和小站从最初斗嘴相厌，再到惺惺相惜，慢慢走到了一起。 而看似春风得意的冯国强，却要面临着无数的磨难与考验……
一转眼，丁宇（王雷 饰）和何雪琳（秦海璐 饰）结婚已经八年了，尽管两人共同养育着可爱的小女儿媛媛，但这颗爱情结晶的存在却并没能够阻止夫妻两人之间感情的裂缝的产生，最终，他们的婚姻走到了濒临崩溃的边缘。媛媛在偶然之中得知了父母准备离婚的消息，伤心的她选择了趁奶奶不注意，离家出走。 媛媛的失踪给这个家庭带来了巨大的打击，丁宇和何雪琳不得不暂时放下他们之间的恩怨纠葛，联起手来寻找媛媛的下落。在此过程中，他们本就岌岌可危的感情遭受了更加严峻的考验，但接踵而至的困难反而让他们开始思考起婚姻和生命的意义。
在好运街开了串串店的罗家是一个重组家庭，当年丧偶的罗爸带着一对龙凤胎儿女，离异的罗妈带着一个女儿，两人走到一起，婚后又添了小女儿，成为罕见的六口之家。罗家日子过得平淡而温馨，街坊邻里都称羡他们是个“好运气之家”。老两口期盼着儿女们自己的“小家庭”和这个大家庭一样幸福美满，殊不知儿女们都各自出现了家庭的危机或人生的阵痛，但孝顺的儿女们担心年老的父母无法承受，不约而同选择暂时隐瞒。最终儿女们在罗爸罗妈的帮助下，都找到了自己的幸福。作为医生的二女儿和女婿因为性格上的磨合问题而分开，历经考验后终于重新走到一起。乖巧的小女儿鼓起勇气重读大学，最终与二女婿的弟弟成为一对。
在大同民间，流传着这样一个美丽的传说。故事发生在明代正德年间，年少的正德皇帝继位，由于贪玩儿，致使大太监刘谨专权，勾结胡人，企图篡权。皇太后及一班大臣为社稷江山而忧心忡忡。 正德帝假借观赏大同民俗为名，突然带着侍从小虫儿微服来到大同，暗地里调查刘谨内外勾结的罪证。不料，正德这在凤临阁吃饭时，无意间搅进一桩命案里，幷与凤临阁老板娘凤姐相识。 这桩命案原来是市井泼皮曹虎所为，意在陷害凤姐，抢走凤临阁的生意。曹虎凭借着叔父是大同总兵，在大同勾结官府，为所欲为，把正德帝等抓进牢中。凤姐却误会了乔装成商贾侯公子的正德帝，以为是来栽脏陷害她。曹总兵发觉误抓了正德帝，惊慌失措，忙与知府商议，索性将错就错，不揭露皇上真实身份，不动声色地秉公宣判，抓起曹虎，放了正德帝。 一场虚惊过去，凤姐知道误会了侯公子，很是不安。侯公子喜欢上了爽快泼辣、美貌动人的凤姐，邀请她做向导，去游玩去岗石窟等名胜。凤姐欣然陪同。正德帝发现凤姐不过是一个民间女子，却对名胜古迹历史渊源了如指掌，惊诧不已。 远在京城的刘谨怀疑正德帝去大同意图，却得到密报，知道正德帝真的是去玩乐，看上了一个民间女子，大喜，指使安插在正德帝身边的眼线小虫儿，伺机下毒，除掉正德帝。同时，为了随时掌握顾命大臣李东阳的动向，忍痛割爱，把身边宠妾刘兰儿送给了李东阳。 小虫儿在正德帝茶碗里下了毒，可是当正德帝要喝时，小虫儿却不忍心，一把打翻毒茶……刘谨得知小虫儿未按指示办，冷笑一声，跟手下爪牙说，还有另一招，可以置正德于死地！原来刘谨已经与胡人串通好，要在云岗一带伏击正德帝，结果被曹总兵的人马打败。 京城李东阳派来密探，告知正德帝朝廷混乱，刘谨蠢蠢欲动，须速速回京！正德帝与凤姐依依不舍分别，曹总兵以护驾为名，把三万兵马驻扎到京城郊外，震慑刘谨。刘谨见状，导演出舍命护驾、剜肉配药等自编自演的好戏，假装出一付忠臣状。正德帝佯佯中计，重用刘谨，引起朝内大臣不安。正德帝又与李东阳密谋，再去大同，给刘谨暴露谋反的机会，以得到证据，除去奸臣。 身在大同凤临阁的凤姐，日夜思念侯公子(正德帝)，却被逃出大牢的曹虎纠缠。曹虎设计，给凤姐的茶里下了迷花散。曹虎正要占有她，恰逢正德帝赶到，曹虎逃跑，正德帝误会了凤姐…… 曹虎又设毒计，陷害侯公子(正德帝)。就在正德帝被押解到树林里，性命危机之时，曹总兵及时赶到，救出正德帝。此时大家都已知正德帝身份，只有凤姐还蒙在鼓里。 刘谨以为篡权时机已到，忙着准备龙袍、玉玺，择日登基。李东阳也以为除去刘谨一伙的条件成熟，让皇太后装重病，找皇上回京。 这时，身在大同的正德帝已经与胡人小王子和好，免去了边关忧患。凤姐与侯公子的感情也日益深厚，终于结合在一起得京城密报，正德帝焦急，凤姐却看出破绽，劝正德帝秘密速回京城，除去刘谨心腹大患！ 正德帝悄然回京，秘密指挥李东阳等忠臣调取刘谨罪证。刘谨得知凤姐怀有身孕，想在凤姐身上大做文章。不料凤姐得知刘谨诡计，忍痛打胎，让刘谨阴谋破产。 李东阳想出计策，以在大同一带发现元代藏宝密址为诱饵，把刘谨调出京城。就在刘谨为藏宝的事奔忙时，李东阳已经清除掉刘谨在京城的势力。刘谨得到急报，班师回京，已经为时已晚。回京路上，正德帝领御林军截住刘谨，大战一场，正德帝用刘谨教给的借刀杀人之计还施彼身，除掉了刘谨。 正德帝欲接凤姐回宫。不料凤姐坚决不从，说自己是一个民间女子，不能影响正德帝的治国大事。正德帝欲强行带走凤姐，封了凤临阁。凤姐宁可出家做尼姑，也不去京城。正德帝火烧尼姑庵，想逼凤姐出来。不料凤姐宁死也不愿走出尼姑庵！正德帝追悔莫及，再去扑火，已经晚矣。 深爱凤姐的正德帝心灰意冷，下旨凤临阁永远不准开业，除非凤姐死而复生！皇太后也曾竭力反对这件事，让正德帝在美人与江山之间，只能择其一。如今凤姐已死，正好断了正德帝想念。正德帝只好听从皇太后旨意，同意与胡人之公主联姻，返回京城，重整大明江山。凤姐对正德帝的警悟和鼓励终于使他认识到自己肩负的使命，决心做一个为国为民的好皇帝，不再贪玩，而从此一心于朝政……
