曾经蓝地星最耀眼的第一宗门星辰宗，意外得到了万界至宝“星辰图”，引来了万界之主的窥视，万界之主为了得到星辰图，诱导星辰宗内的高层前往圣星域，并将他们囚禁在“圣星域”当中。星辰宗只剩下了一个护宗长老诸葛浩瀚以及年少宗主楚星河和几个名年少弟子，因实力不足受到了其他宗门压制，被鹰帮的人夺走了宗门之地，少宗主楚星河为了重新夺回曾经的荣耀，寻找被囚禁的父亲和星辰宗的高层，带领门下几位弟子，连闯十二座星界，打败万界之主的手下十二尊星魂强者，最终也从万界之主救回其父亲和星辰宗所有人。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
酷爱功夫的热血少年鸡小龙，从小就在自己编织的功夫梦中长大，整日梦想着有朝一日能成为鸡中大侠。一次偶然的机会，鸡小龙进入了咸蛋寺，跟着传说中的“功夫大师”胸大鸡学习功夫，成为了千年大咸蛋的守护者。跟小龙一起习武的还大师兄金刚哥，他威武、冲动，凡事总是冲在最前头。小师妹兔玲珑为人能言善辩，古灵精怪，继承了刺客世家的灵活身手，经常能给敌人出其不意的打击。为人不拘小节的胸大鸡总是胡乱教鸡小龙一些奇怪的武功，闹出许多笑话。三位徒弟在快乐和欢笑中一次又一次的粉碎了咸蛋寺最大的敌人黑鸦帮夺取咸蛋的阴谋。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
