恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。
牧尘，北灵境中史无前例取得“灵路”资格的少年。本应顺利通过“灵路”的试验后进入五大院学习，却史无前例地在灵路试炼中半途被踢了出来，没有人知道原因为何，许多人因此认为他不过是侥幸得到资格。然而牧尘将用实力证明，就算没能在“灵路”中走到最后，他也能夺取五大院的入门资格。
为揭开秦烈里魂的秘密，本季中时光将回朔到秦烈刚刚加入器具宗外宗之时。彼时秦烈经李牧指点，为了寻找凌语诗，秦烈排除障碍通过了器具宗试炼，加入外宗。在唐思琪的指点下开始进行日常修炼。 由于在入宗考试中惹恼了唐思琪，秦烈在宗门内的生活处处被大师姐刁难。天长日久，二人之间竟然产生了一些不可名状的情愫。而这些也都被意图篡取宗门之位的梁少扬看在了眼里。期初梁少扬只是为了宗主之位接近唐思琪，但经过一段日子的接触，梁少扬也对大师姐产生了特殊的感觉……
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ノゾミとキミオの「自分見せ合いっこ」に乱入者が現れた!?ノゾミの下の階に住む、一学年後輩の少女・向井ハルカは、なんとキミオを「運命の恋の相手」と思い込む！彼女に振り回され困り果てるキミオ、そしてノゾミは想像を上回るドキドキな行動に……!?
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲害，但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身，他雖然會優先對付未確認生命體，但亦會對付磯烙使和亞極陀，因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主，他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈，翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
