故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後 講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
牧尘，北灵境中史无前例取得“灵路”资格的少年。本应顺利通过“灵路”的试验后进入五大院学习，却史无前例地在灵路试炼中半途被踢了出来，没有人知道原因为何，许多人因此认为他不过是侥幸得到资格。然而牧尘将用实力证明，就算没能在“灵路”中走到最后，他也能夺取五大院的入门资格。
时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
年轻的旅行商人克拉福·罗伦斯，与一匹拖着货车的马为伴，日复一日地在各个城镇之间售卖商品。 有一天，他到达了一个遍布着金黄色麦田的小村庄，在那里，他遇到了一位拥有狼耳朵和尾巴的美丽少女。 “咱的名字是赫萝。” 自称为“贤狼”的赫萝，原来是一位掌管丰收的狼化身。 听闻她想要返回极北之地、应该存在的故乡“约伊兹森林”的愿望后，罗伦斯和赫萝决定一同朝北，开始了他们的商业旅行。 但是，旅行商人的旅途总是充满了意想不到的波折。 曾经孤独的旅行商人和孤独的狼化身，他们在马车上开始了喧闹的旅程。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
奥京都から逃げてきた鈴木凛（小鉄）は、かつて兄のいた東京の探偵事務所の所長、久遠美保のもとに身を寄せる。一方、裏社会で傀儡師として有名な御門竜也は、久遠美保殺害の依頼を受ける。そのためには小鉄が障害になると考えた竜也は、小鉄を狙う。だが、何度か対決して行くうちに、2人は徐々に意識しあう仲になってしまう。やがて、依頼人が自殺したことにより、竜也は小鉄を狙う理由はなくなった。以後竜也は小鉄の味方になるとともに、2人の仲も次第に深まる。そんな中、東西に分かれた裏社会のうち、竜也たちの属する東側に、西側の人間である影鰐が入りこんでくる。これがきっかけで東西の裏社会どうしで騒動が起き、小鉄たちもその中に巻き込まれていく。様々な難敵との闘いや出来事の末、裏社会の騒動は東側の勝利に終わった。
