故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
通过这部动画，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们的团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探三人组元太、步美、光彦的面前大失身手，还暴露了真容，不过却被步美他们认作新一。另一方面，丢失了钻石的酒店方似乎另有企图……
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水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
预定为OAD三部作，故事设定在智世成为学院的旁听生之前的时间点，斯普利甘带着诡异的马拜访宅邸，并留下了「今次亡灵猎团的样子很奇怪」的信息。另一方面，对身处的环境、与好友分离、陌生的土地感到厌烦的少年加百列，也与魔法使的世界相遇了。
暂别苍风帝国，云澈来到神皇帝国开始新的冒险，意外与凤凰神宗弟子结下梁子，同时也结识了凤凰神女，雪公主，凤雪儿，又遭鬼影圣手花铭海跟踪，不打不相识。天玄七国排位战开始，云澈动身参战，这将是云澈展现实力的新舞台，还是陷入恶斗的苦战场？云澈身藏的凤凰血脉，又将在神凰帝国引发何等风波？风云诡谲，尽在云澈一念之间。
