东国少年“梵天”执行秘密任务，来到中原国，遇到海难失去部分记忆。梵天被腿疾少女“公良潸”所救。梵天为报答救命之恩，答应“虹引”师太的请求，带潸儿和镇观奇书，下山寻找书中记载的仙岛，医治潸儿的腿疾，途径环翠湾。中原武将“李茂”受太后之命，前往环翠湾寻找皇帝下落。众人历经险阻最终齐聚环翠湾，梵天终于恢复记忆，在旅途中偶然获得的几样秘宝。令他距离成为天下最具权势之人，仅一步之遥。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
魔界秘境降临现实，魔兽侵占人类世界，未觉醒职业的苏阳为救重伤的弟弟，欠下百万高利贷，被迫从事用命换钱的“炮灰快递员”。绝境之下，他以厨刀为刃，击杀不可能杀死的魔兽，意外觉醒世上唯一的超级隐藏职业——“虚空魔厨”。
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
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我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
