第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
在青州崭露头角的楚枫随青龙宗主李长青参加青州最高盛会百宗大会，与强悍霸道的凌云宗主燕扬天结仇。殊不知，百宗大会名为宗门比试，实为燕扬天的一场惊世阴谋。 随着实力的不断提升，楚枫领悟金、蓝双色神雷之力。然而，神雷之力意外惊动了沉睡多年的冰火双珠，好友苏柔苏美为救楚枫被双珠 夺舍，危在旦夕。为救好友，楚枫踏上万妖山寻宝之路，誓要以此救出紫袍界灵师妖猴王，搭救二苏。 途中，楚枫结识皇朝少年姜无殇，重遇天赐神体又身世神秘的少女紫铃，并终于和名震天下的同宗师兄——“翼盟”创始人张天翼相认。 最终，在蛋蛋、紫铃、姜无殇、张天翼等人的肝胆相照和自身实力的不断提升下，楚枫寻得修罗鬼斧、救出妖猴王、成功搭救二苏，识破凌云宗主燕扬天的阴谋，最终力挽狂澜、化解九州危机。并为解开自己的身份谜团，踏上更广大的东方海域......
在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探三人组元太、步美、光彦的面前大失身手，还暴露了真容，不过却被步美他们认作新一。另一方面，丢失了钻石的酒店方似乎另有企图……
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。 没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
从南国公主设计白月初开始，一步都是为了自己的爱挚平丘月初。为了平丘月初重新复活，她更加不以惜黑狐为伍。为了帮助南国续缘成功，南国选定的毒娘子、毒童子等人都协助她。最终在白裘恩、白月初、涂山苏苏等人的帮助下欢都落兰得以和平丘月初再次相见，并约定来生再见。
