《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
义军与曼达洛人Clan Wren合作，将Sabine的父亲从帝国的魔掌中解放出来。
预定为OAD三部作，故事设定在智世成为学院的旁听生之前的时间点，斯普利甘带着诡异的马拜访宅邸，并留下了「今次亡灵猎团的样子很奇怪」的信息。另一方面，对身处的环境、与好友分离、陌生的土地感到厌烦的少年加百列，也与魔法使的世界相遇了。
马文·弗洛特可能是有史以来最伟大的侦探，但他仍然无法解开一个谜团：他的家人，他将遵循每一条线索，与他从未停止过爱的前妻一起救赎自己。
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。 没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
妖精小姐迷上日本文化！？上班族北濑一广唯一的兴趣就是睡觉。他从小就在不可思议的梦中世界进行刺激的冒险。某次与在梦中结识的妖精一起冒险时，两人不幸被龙的吐息烧死。失败后，他一如往常于位在东京的房内醒来，却赫然发现妖精少女熟睡在身边──
凌然获得医疗系统之后，通过自己非人的努力，不断超越人类的学习极限，习得更高级更困难的外科术式，去解决更复杂困难的病例，目标是成为伟大的外科医生。
旭日初升，清纯少女黑衣麻陶（花泽香菜 配音）终于迎来了期待已久的初中入学式，水手服标志着青春的开始。在学校门口，她邂逅了乘坐豪华轿车上学的同班同学小鸟游优美（泽城美雪 配音），顿时为对方的成熟知性气息所吸引。她主动上前搭话，两人很快成为开心畅谈的好朋友。家境优渥又怎样？履历平平又如何？这些都没有成为障碍，麻陶和优美的友情不断加深。快乐无忧的第一学年转眼过去，升入二年级后，麻陶和优美分入了不同的班级。开朗外向的麻陶似乎很快适应了新的环境，也结交了新的朋友；而一向内向恬静的优美虽然默不作声，心底却依稀升起几分落寞。 那种莫名的情感，让少女的友情失衡……
待望のアニメ新作エピソードがOVAで登場！ シャーロック、ワトソン、モリアーティ、長屋の探偵たち……それぞれの過去と未来。 Ep1.『モリアーティの正体』 歌舞伎町遊撃隊、結成秘話。ヨシオがスリのターゲットにしたのは、モリアーティ！？ 幼い彼等の、さらに幼き日にあった出会いの記憶。 Ep2.『注文の多いトラック』 あるトラックの調査依頼を受けた小林。そこにはなぜか京極の姿も！？ Ep3.『ハドソン夫人と息子』 ハドソン夫人の知られざる過去が今明かされる……！！ Ep4.『マイクロフト副區長の秘密』 副區長の座に納まったマイクロフトの一日。 Ep5.『ミッシェルの同居人』 雨の歌舞伎町。ミッシェルが出会ったのは――。 Ep6.『ワトソンとメアリのデート』 ワトソンとメアリがデート？！ルーシーはシャーロックと共に二人を尾行するが……。
步入老年的不起眼上班族·犬屋敷壹郎，过着被公司和家庭疏远的每一天， 但在某天，医生突然宣告他患了晚期癌症，时日无多，他从此开始自暴自弃。 当晚，被突然飞来的UFO的坠落所卷入，转变成机械身体的他，获得了远超人类的力量。 另一方面，同样遭遇事故的高中生·狮子神皓，开始随心所欲地使用他所获得的力量。 不断伤害不合己意之人的狮子神，与不断拯救被狮子神所伤害之人的犬屋敷。人类的本质究竟是善还是恶？ 获得强大力量的2人，现在开始驱动各自的想法——。
