《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
樱井雪乃（柚木凉香 配音）和樱井奏（生天目仁美 配音）是一对双胞胎，两人自打出生起就从来没有分开过，彼此间的关系之亲密可想而知。如今，升上高中的两人依然享受着充满了平静和幸福的“二人世界”，哪知道，一个名叫神山咲夜（加藤英美里 配音）的女孩子的出现将姐妹两人的日常生活给 搅乱了。 奏发现，咲夜似乎和雪乃走得很近，奏误以为两人之间产生了情愫，克制住了内心的失落，奏决定避开雪乃，为他们制造一点私人空间。就这样，一直都是形影不离的姐妹两人渐渐疏远，在此过程中，雪乃终于意识到了自己心中深藏的对于奏的感情，一番波折之后，两人终于互相表白了心意，从此幸福的生活在一起。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
宇宙浩瀚，产生无数的类型的生命体，这些生命体，形成万族万灵。万族万灵尽管种族不同，信仰不同，但一样的就是奢望得道。 任何一个生灵都是道心蒙尘，他们不甘如此，以修行来悟道而变得强大，甚至永生。天地大道如同气运，有能者居之。大道之路，就是争道之路，这就造成了万族万灵的相争。 一个时代，只能支撑少数一些人得道。得道者，以为站在了世间之巅，以后可以恣意逍遥。但却发现，即使得道。同样难逃厄运，在他们之上有着主宰，收割着一个又一个的时代，收割者天下修行者为了维持他们野心。万族万灵，不过是被这些主宰豢养而已。 这些主宰，收割着得道者，收割着每个世界的灵华，摧毁一个个世界。 历代得道者，都不甘被收割，不断的反抗，可是每一次都失败。 直到……主角叶宇出现，他剥开了一个个时代，剥开了一个个秘密。随着他展开了史诗级的画卷，在这壮阔的世界中，不断的成长，经历爱情和友情，洗净蒙尘的道心，最后和收割万族万灵的主宰对决。
表面看来，九之濑宙太（村濑步 配音）只是一个平凡的初中生，但实际上，他常常能够听到别人听不到的声音，这一特质困扰着他，导致他的个性十分的软弱和自卑。一天，宙太突然被告知，他被选中成为了宇宙警探elDLIVE中的一员。实际上，有很多宇宙人潜伏在人类之中，宇宙警探就是为了维系宇宙人和人类之间的平衡所创办的组织。 就这样，毫不起眼的宙太肩上担负起了沉重的任务，宇宙共生体多尔（钉宫理惠 配音）成为了他的搭档。个性飞扬跋扈好胜心强的贝罗妮卡（饭田里穗 配音）、成熟稳重略微有些害羞的妮诺奇嘉（Lynn 配音），和宙太一起声张正义的还有这些可爱的女孩们。
